Первый курс (1991—1992)

В поезде, едущем в Хогвартс, Гарри Поттер подружился со своим сверстником Роном Уизли и его старшими братьями Фредом и Джорджем. Драко Малфой также предложил ему дружбу, но Гарри не понравился его совет не дружить с Роном и презрительное отношение к Хагриду. Гарри и Драко поссорились, и с тех пор Драко стал его врагом.

Распределяющая шляпа хотела отправить Гарри в Слизерин, но он упорно не хотел туда идти, так как знал от Хагрида и Рона о разнице между факультетами. Поэтому она выбрала для него Гриффиндор. Туда же был распределён Рон. Драко, к своей радости, попал в Слизерин.

На первом курсе Гарри и Рон подружились с Гермионой Грейнджер. Все трое стали лучшими друзьями. Кроме того, друзьями Гарри (и Рона) стали его одноклассники Симус Финниган, Невилл Долгопупс и Дин Томас, а врагами — Крэбб и Гойл, дружки Драко Малфоя. Другом Гарри, Рона и Гермионы стал также Хагрид.

Профессор зельеварения Северус Снегг возненавидел Гарри из-за сложных отношений с его отцом Джеймсом. На первом курсе Гарри не знал причин этой ненависти.

У Гарри обнаружился выдающийся талант к полётам на метле. Он был принят ловцом в команду Гриффиндора по квиддичу, став самым молодым ловцом за последние 100 лет. В дальнейшем Гарри оказался отличным игроком: в 7 из 9 игр он поймал снитч и принёс победу своей команде, которая в результате завоевала кубок в 3 из 4 чемпионатов школы.

Во время первой из игр метла начала сбрасывать Гарри в результате колдовства профессора защиты от тёмных искусств Квиррелла, служившего Волан-де-Морту. Снегг защищал Гарри своей магией. Гермиона ошибочно сочла виновником происходящего Снегга. Она незаметно подожгла мантию Снегга, но бросившись к нему, нечаянно сбила с ног Квиррелла. Метла перестала сбрасывать Поттера. Так закончилась неудачей вторая попытка убить Гарри.

В этом году часть одного из коридоров в школе была объявлена запретной. В течение нескольких месяцев Гарри, Рон и Гермиона проводили расследование и пришли к выводу, что там находится философский камень, который собирается украсть Снегг. Гарри, Рон и Гермиона попытались известить директора школы Альбуса Дамблдора, но он был срочно вызван в министерство магии. Тогда Гарри с помощью Рона и Гермионы сумел добраться до комнаты, где находился философский камень. Оказалось, что его хочет украсть Квиррелл, который на затылке под глупым тюрбаном прятал голову Волан-де-Морта. Цель кражи — возрождение Волан-де-Морта. Гарри сумел помешать Квирреллу украсть камень и, благодаря любви своей матери, давшей ему магическую защиту, продержаться в битве против Квиррелла до прихода Альбуса Дамблдора, спасшего Гарри. Квиррелл погиб, Волан-де-Морт не смог возродиться. Так провалилась третья попытка убить Гарри Поттера.

После битвы с Квирреллом Альбус Дамблдор рассказал Поттеру о магической защите, о том, что он спас ему жизнь, о вражде Снегга с Джеймсом Поттером и о том, что Джеймс спас жизнь Снеггу. Теперь Гарри лучше понимал мотивы Снегга, но отношение Снегга к нему не изменилось и в последующие годы.

Кроме того, на первом курсе Гарри, Рон и Гермиона спасли Хагрида от серьёзных неприятностей: тот решил выращивать дракона. Дракон мог как покалечить Хагрида, так и привести к его аресту, поскольку разведение драконов в Британии категорически запрещено. Гарри и Гермиона сумели тайно переправить дракона старшему брату Рона, Чарли Уизли, который исследовал драконов в Румынии. За нахождение ночью в неположенном месте с Гриффиндора было снято столько баллов, что он лишился шансов победить в межфакультетском соревновании. Из-за этого Гарри подвергся бойкоту многих гриффиндорцев. Но в последний день Альбус Дамблдор за спасение философского камня прибавил Гарри, Рону, Гермионе и Невиллу 170 баллов, благодаря чему Гриффиндор победил.
Второй курс (1992—1993)

Летом 1992 года Гарри впервые узнал о домовых эльфах и познакомился с одним из них, Добби. Придя домой к Гарри, Добби предупредил его о некоей опасности, грозящей Гарри в Хогвартсе, и посоветовал не возвращаться в Хогвартс.

В Гарри Поттера влюбилась Джинни Уизли.

В этом году обитатели Хогвартса, от миссис Норрис (кошки Аргуса Филча) до Гермионы Грейнджер, попадали в больницу из-за необычных изменений: они каменели. Поскольку первую жертву, кошку, первым обнаружил Гарри, студенты заподозрили его в том, что он виновен в колдовстве.

В середине года студенты и преподаватели Хогвартса узнали, что Гарри — змееуст, а Гарри — что его способность понимать язык змей присуща только очень немногим, обычно злым, волшебникам (змееустами были Салазар Слизерин и Волан-де-Морт). В течение нескольких месяцев Гарри боялись и не любили, считая наследником Салазара Слизерина. Только после попадания в больницу его подруги Гермионы Грейнджер студенты убедились, что Гарри Поттер невиновен.

Гарри познакомился с плаксой Миртл, школьным привидением, умершим около 50 лет назад. В её смерти обвинили Хагрида, тайно доставившего в школу паука Арагога. Хагрида обвинили и в нынешних событиях и отправили в Азкабан.

Гарри и Рон встретились с Арагогом и другими акромантулами. Выяснилось, что хотя акромантулы — злобные и опасные существа, они не убивали Миртл. Акромантулы попытались убить Гарри и Рона, но их спас маленький «Форд Англия», заколдованный мистером Уизли.

В конце года Гарри нашёл дневник Тома Реддла, 16-летнего студента, учившегося в Хогвартсе около 50 лет назад. Дневник был пуст, но Гарри обнаружил, что в нём можно писать вопросы и получать ответы. Из бесед с дневником, обсуждений с Роном и записки, найденной в руке окаменевшей Гермионы, Гарри Поттер понял, что произошло с окаменевшими людьми и существами: их атаковал Василиск, появлявшийся из Тайной Комнаты. Он же убил плаксу Миртл.

После пропажи Джинни Уизли, Гарри с помощью Рона сумел добраться до Тайной Комнаты, где встретил Тома Марволо Реддла. Там Гарри узнал, что Том Марволо Реддл — Лорд Волан-де-Морт, первое имя было дано ему матерью, а второе, состоящее из перестановки букв первого, он дал себе сам, будучи уже опасным волшебником. Тот рассказал, что это он с помощью дневника подчинил Джинни, заставив её открывать Тайную Комнату, что и привело к жертвам. Он же, выпустив Василиска, убил Миртл и свалил убийство на Хагрида.

Том приказал Василиску убить Гарри, но благодаря поспешившему на помощь фениксу Фоуксу, а также принесённой Фоуксом Распределяющей Шляпе, в которой появился меч Гриффиндора, Гарри сумел убить василиска. Затем Гарри проткнул дневник ядовитым клыком василиска, и дневник истёк чернилами, а Реддл исчез. Так провалилось четвёртое покушение на Гарри, а Гарри спас Джинни Уизли.

Все пострадавшие были излечены. Благодаря показаниям Гарри, Хагрид был выпущен из Азкабана и реабилитирован. В следующем году он стал преподавателем ухода за магическими животными.

В последний день Гарри разоблачил Люциуса Малфоя, подкинувшего дневник Тома Реддла в сумку Джинни Уизли, и спас Добби, домового эльфа Люциуса Малфоя, от тирании хозяина. Добби стал свободным эльфом, восхищавшимся Гарри Поттером и готовым выполнить любую его просьбу. За победу над василиском Гарри и Рон получили по 200 баллов для факультета и медаль «за особые заслуги перед школой». Гриффиндор снова выиграл Кубок Школы.
Третий курс (1993—1994)

Из Азкабана сбежал Сириус Блэк, по общему мнению предавший родителей Гарри и убивший множество людей.

Гарри впервые узнал о дементорах и встретил одного из них. Дементор, который проверял поезд, напал на Гарри, в результате чего Гарри потерял сознание, но его защитил Римус Люпин. С тех пор Гарри больше всего (даже больше Волан-де-Морта, что по мнению Римуса Люпина является высшим показателем стойкости характера) боится дементоров, которые воплощают все страхи человека. По сути, больше всего Гарри Поттер боится страха.

От близнецов Уизли получил Карту мародёров, как выяснилось потом, одним из создателей которой был его отец.

Преподавателем защиты от тёмных искусств стал Римус Люпин, научивший Гарри и других студентов бороться с боггартами. Кроме того, Римус много занимался персонально с Гарри. К концу года Гарри научился вызывать Патронуса (у Гарри он принимал вид оленя). На матче по квиддичу с командой Когтеврана впервые увидел Чжоу Чанг, в которую в дальнейшем влюбился.

Гарри узнал, в чём тайна Визжащей Хижины. Считалось, что в Визжащей Хижине обитают привидения, но это неправда. Визжащая Хижина — место, куда выводили во время полнолуния Римуса Люпина (в его школьные годы), так как он — оборотень. В конце третьей книги Гарри и магическое сообщество узнали его тайну.

Гарри встретил Сириуса Блэка. Он узнал, что Сириуса обвинили несправедливо: предателем был Питер Петтигрю, обратившийся в крысу и с тех пор оставшийся крысой Рона Уизли. Сириус Блэк и Римус Люпин решили убить предателя, но Гарри не позволил. Тем временем Петтигрю сбежал. Так Поттер спас жизнь Петтигрю. Гарри подвергся атаке дементоров, но был спасён каким-то черноволосым волшебником (вскоре оказавшимся самим Гарри, вернувшимся в прошлое).

Сириус Блэк был реабилитирован в глазах Гарри, Рона и Гермионы, а также Дамблдора, но магическое сообщество и власти по-прежнему считали его убийцей. С помощью полученного Гермионой от МакГонагалл в начале учебного года маховика времени Гарри и Гермиона попали на 3 часа в прошлое и спасли Блэка. Гарри спас себя самого от атаки дементоров. Кроме того, Гарри и Гермиона спасли гиппогрифа, ранившего Драко Малфою правую руку (из-за того, что Малфой обозвал гиппогрифа глупой скотиной). За это гиппогрифа должны были казнить сотрудники министерства магии.

Гарри Поттер обрёл нового друга — Сириуса Блэка, который являлся его крёстным отцом.
Четвёртый курс (1994—1995)

Новым преподавателем защиты от тёмных искусств был назначен Грозный Глаз Грюм. Преподаватель рассказал о трёх «непростительных» (то есть запретных, преступных) заклятиях и научил Гарри и других студентов сопротивляться заклятию Империус.

В этом году проводился Турнир трёх волшебников между Хогвартсом, Шармбатоном и Дурмстрангом. Участников турнира должен был избрать Кубок огня из числа желающих не моложе 17 лет, по одному от каждой школы. Вопреки правилам, Кубок выбрал Гарри Поттера, хотя он не был желающим, ему было только 14, и, наконец, он был вторым участником от Хогвартса (первый — Седрик Диггори). Используя подсказки преподавателя, Гарри сумел справиться с первыми двумя заданиями: добыть яйцо дракона и спасти Рона из-под воды. Последним заданием было найти в лабиринте из колючего кустарника Кубок Трех Волшебников. Поттер и Диггори коснулись его одновременно и попали на кладбище, где находился Питер Петтигрю и Лорд Волан-де-Морт. По приказу Лорда, Петтигрю убил Диггори и переместил Гарри на могилу Реддла-старшего. Тёмный Лорд использовал кровь Гарри для возрождения. Отныне в жилах Волан-де-Морта текла кровь Лили Поттер, поэтому «защита крови» частично перестала работать: Лорд теперь мог прикасаться к Гарри и не обжигаться при этом. В последующей дуэли Тёмный Лорд не смог убить Поттера, потому что их волшебные палочки оказались сделаны из пера одного и того же феникса. Одной рукой Поттер взялся за безжизненное тело Седрика Диггори, а другой рукой вновь коснулся Кубка — и оказался в Хогвартсе. Так закончилась пятая попытка убить Гарри Поттера.

Выяснилось, что преподаватель защиты от тёмных искусств — на самом деле сбежавший из Азкабана Пожиратель Смерти, сын Барти Крауча, принявший облик Грюма, заточивший настоящего Грозного Глаза в сундуке, где тот и провёл все эти месяцы. Крауча подвергли «поцелую» дементора.

Гарри был объявлен победителем турнира. Деньги за победу — тысячу галлеонов — он отдал Джорджу и Фреду Уизли. Таким образом близнецы Уизли получили стартовый капитал для открытия своего бизнеса: магазина волшебных шуток (их давняя мечта).
Пятый курс (1995—1996)

Летом на Гарри и Дадли напали дементоры. Гарри сумел, вызвав Патронуса, спасти себя и двоюродного брата. Его обвинили в незаконном использовании магии. Благодаря защите Альбуса Дамблдора, Гарри Поттер сумел оправдаться.

Альбус Дамблдор практически не разговаривал с Гарри Поттером, который просил помощи. Вследствие этого Гарри отказался от всяких попыток достучаться до директора. Гарри впервые посетил дом Сириуса Блэка на площади Гриммо, 12.

Кикимер, домовой эльф, служивший семейству Блэков, оказался крайне неприятным существом, ненавидящим «грязнокровок» и «предателей крови». Убирая дом, Гарри и другие маги среди прочего наткнулись на медальон, который никто не мог открыть, но не придали этому значения.

Министерство магии официально отрицало возрождение Волан-де-Морта. Барти Крауч был подвергнут поцелую дементора, после чего он не мог дать никаких свидетельских показаний. Начиная с лета 1995 года газета «Ежедневный Пророк» представляла Поттера тщеславным выдумщиком, насмехаясь над его рассказами о возвращении Тёмного Лорда. В результате многие студенты приняли точку зрения «Пророка».

После возрождения Волан-де-Морта у Гарри стал часто болеть шрам. Кроме того, Гарри часто чувствовал эмоции Волан-де-Морта и видел во сне его действия. По просьбе Дамблдора Поттер тайно обучался окклюменции у профессора Снегга. Из-за ненависти Снегга к Поттеру эти занятия окончились полным фиаско. В какой-то момент Снегг оставил свой кабинет. Поттер, проникнув в его воспоминания, с ужасом увидел, как над Северусом-школьником издевается его отец вместе с Сириусом Блэком и Питером Петтигрю. Увидев, что Гарри смотрит его воспоминания, профессор Снегг пришёл в бешенство и выгнал ученика. На этом занятия закончились.

Альбус Дамблдор не смог найти преподавателя защиты от тёмных искусств. На эту должность министерство магии назначило Долорес Амбридж, получившую также должность Генерального инспектора Хогвартса, дававшую ей почти неограниченные полномочия по вмешательству в дела школы. Амбридж, в соответствии с официальной позицией министерства магии, отрицала возрождение Тёмного Лорда, а смерть Диггори объявила несчастным случаем. Поттер, заявивший, что сам видел Тёмного Лорда, подвергся жестокому наказанию: Амбридж заставила его в течение недели по многу часов в день писать «я не должен лгать» заколдованным пером, процарапывавшем эту надпись ему на руке, и писавшим кровью Гарри. После этого у Гарри на руке остался шрам в виде надписи «я не должен лгать».

Занятия Амбридж сводились к чтению министерских инструкций, а самостоятельно изучать защиту от тёмных искусств она не позволяла. Гарри Поттер стал тайно учить всех желающих. Местом занятий стала Выручай-комната, о которой Гарри узнал от Добби. Он успел многому научить студентов, но когда из-за предательства одной из учениц (Мариэтты Эджком) их группу обнаружили, Альбус Дамблдор спас Гарри и других студентов от неприятностей, заявив, что они учились по его приказу. После этого Альбус скрылся, и Амбридж стала директором Хогвартса.

Во время экзамена по истории магии Гарри Поттер заснул и увидел, как в отделе тайн министерства магии пытают Сириуса Блэка. Через камин он связался с Кикимером, домовым эльфом Блэка, который подтвердил, что его хозяина нет на месте. Амбридж и её Инспекционная Дружина застали Гарри, Рона и Гермиону, когда Гарри заканчивал разговор и собирался вылезать из камина. Амбридж лишила палочек Гарри и его друзей и потребовала объяснений, угрожая пытками. Она же призналась, что наслала дементоров на Гарри и Дадли. Гермиона, сочинив историю об оружии, которое они якобы создавали по приказу Альбуса Дамблдора, заманила Амбридж в ту часть Запретного леса, где живут кентавры. Из-за заносчивости кентавров и презрения Долорес Амбридж к нечеловеческим существам, они предсказуемо поссорились; кентавры напали на Амбридж и заточили её. Грохх (Грохх — великан, которого нашёл Хагрид во время тайного задания полученного от Альбуса Дамблдора, он являлся братом Хагриду) спас Гарри и Гермиону от кентавров. Гарри, Рон, Гермиона, Джинни, Невилл, Полумна поспешили в Отдел тайн, где Гарри нашёл касающееся его пророчество. В этот момент появились Пожиратели смерти и потребовали отдать пророчество: сон Гарри оказался подстроенной ловушкой. Подросткам удалось продержаться до появления взрослых магов, которые победили Пожирателей смерти. Большинство пожирателей смерти, и в их числе Люциус Малфой, оказались в Азкабане. В битву вмешался сам Волан-де-Морт и попытался убить Гарри за то, что тот помешал ему завладеть пророчеством, но Дамблдор сумел защитить Гарри от смертоносного заклятия и сам вступил в битву с Тёмным Лордом. Так закончилась шестая попытка убить Гарри Поттера. Дуэль Дамблдора с Волан-де-Мортом окончилась ничьей. Пророчество было разбито Гарри Поттером. Однако победа далась тяжёлой ценой: погиб крёстный отец Гарри Поттера — Сириус Блэк.

Альбус Дамблдор объяснил Поттеру причину, почему не хотел общаться: он боялся, что Тёмный Лорд поймёт, что Дамблдору дорог Гарри Поттер. Он признаёт, что это решение было его ошибкой и в гибели Блэка виноват он.

После битвы стало невозможным отрицать возвращение Волан-де-Морта. Травля Поттера в печати прекратилась. Теперь «Ежедневный Пророк» писал о нём в самых лестных выражениях. Амбридж попала в больничное крыло, а потом покинула школу. Альбус Дамблдор вернулся в качестве директора.
Шестой курс (1996—1997)

Гарри Поттер унаследовал от Сириуса Блэка его дом и Кикимера. Орден Феникса использовал его дом для собраний. Кикимер ненавидел своего нового хозяина, как и прежнего, но вынужден был выполнять его приказы.

Ещё летом Поттер заметил, что у Альбуса Дамблдора высохла и парализована правая рука. От расспросов по этому поводу Дамблдор уклонялся.

Преподавателем защиты от тёмных искусств стал Северус Снегг. Вместо него преподавателем зельеварения стал Гораций Слизнорт, сделавший Гарри Поттера одним из своих любимчиков. От Слизнорта Поттер получил старый учебник зельеварения какого-то Принца-Полукровки с записями от руки, как лучше делать зелья. Выполняя указания неизвестного, Поттер обнаружил, что зелья действительно получаются гораздо лучше. Поттер стал лучшим учеником, а Слизнорт считал его великим зельеваром. Сделав на первом уроке зельеварения «Напиток Живой Смерти» (сильное усыпляющее зелье), Гарри в качестве приза получил от Слизнорта Зелье Удачи, или «Феликс Фелицис».

В середине года Гарри подслушал разговор Северуса Снегга и Драко Малфоя о каком-то поручении, которое дал Малфою Волан-де-Морт. Снегг просил Малфоя быть осторожнее и не делать глупостей. Малфой отказывался. Гарри рассказал обо всём Дамблдору, но тот по-прежнему заявил, что доверяет Снеггу.

Альбус Дамблдор отменил занятия Поттера со Снеггом. Вместо этого он сам занимался с Поттером. На занятиях он демонстрировал сцены из жизни Тома Реддла, оставшиеся в воспоминаниях его и других людей. Кроме того, он потребовал от Поттера узнать, что такого о крестражах рассказал профессор Слизнорт юному Тому Реддлу. Используя «Феликс», Поттер сумел выведать у Слизнорта воспоминание, объясняющее, что такое крестраж. Из воспоминания следовало, что Том Реддл, будучи школьником, собирался создать шесть крестражей. Дамблдор объяснил, что обезврежены два из шести крестражей — дневник Тома Реддла, обезвреженный Поттером на 2 курсе, и кольцо Марволо Мракса, обезвреженное Дамблдором, в результате чего его рука высохла. Необходимо найти и обезвредить оставшиеся четыре. Два из них, по мнению Дамблдора, чаша Пенелопы Пуффендуй и медальон Салазара Слизерина; Дамблдор высказал предположения по поводу двух оставшихся (змея Нагайна и что-то от других двух основателей Хогвартса). Ещё один крестраж являлся самим Гарри Поттером (что не было известно Гарри).

Выпив Зелье Удачи, Гарри нечаянно толкнул Джинни Уизли, будучи в мантии-невидимке. Джинни обругала своего парня, и они поссорились. В дальнейшем Джинни стала подругой Гарри Поттера (В конце седьмой части «19 лет спустя» они поженились и у них родилось трое детей).

Однажды вечером директор вернулся в школу и предложил Гарри идти вместе за очередным крестражем, с условием беспрекословного выполнения любых приказов в ходе экспедиции. Поттер отдал всё оставшееся Зелье Удачи своим друзьям, оставшимся в школе, велев им выпить. Дамблдор привёл Поттера к чаше, наполненной ядовито-зелёным напитком, в которой лежал медальон. Единственным способом добраться до медальона было выпить зелье. По приказу Дамблдора Поттер вливал яд ему в рот. Поттер сумел спасти Дамблдора, находящегося почти в бессознательном состоянии, и вернуться с ним в школу. Оказалось, что в школу проникли Пожиратели смерти.

Дамблдор вместе с Гарри Поттером на метлах прилетели в школу на самую высокую башню. Над ней была Черная метка.

Внезапно на башню ворвался Драко Малфой. Дамблдор парализовал Поттера, который, будучи в мантии-невидимке, пассивно наблюдал за дальнейшим. Драко Малфой сумел обезоружить Дамблдора и признался, что Волан-де-Морт приказал ему убить Дамблдора. Однако убить Дамблдора Драко Малфой оказался неспособен. На башню вбежал Снегг и убил Дамблдора заклятием Авада Кедавра.

Пожиратели смерти хотели убить Поттера, но Снегг запретил им, заявив, что это должен сделать Тёмный Лорд лично. Снегг признался Гарри, что Принцем-Полукровкой был он. Гарри попытался атаковать Снегга, но тот отбил все его атаки. Снегг, Малфой и Пожиратели смерти скрылись.

Билл Уизли был укушен Фенриром Сивым, но не стал оборотнем. Благодаря Зелью Удачи, выпитому друзьями Поттера, больше жертв не было (кроме одного Пожирателя смерти).

Медальон, добытый ценой жизни Дамблдора, оказался подменённым. В нём было письмо о подмене медальона, подписанное неким (или некоей) Р. А. Б.